公元2028年，香津美已是AMP的主力成員。故事交代了4年前（2024年）的香津美，原本只是個在美國夏威夷生活的平凡少女，因母親病重而回到東京探望她的經過。其間，從母親的口裡得知已死的父親是個了不起的大魔道士及得知到妖魔世界的存在，並了解到父母的犧牲對自己的意義。...

　　工藤新一是全国著名的高中生侦探，在一次追查黑衣人犯罪团伙时不幸被团伙成员发现，击晕后喂了神奇的药水，工藤新一变回了小孩！新一找到了经常帮助他的阿笠博士，博士为他度身打造不少间谍武器。为了防止犯罪团伙对他进行报复，新一决定隐姓埋名，暗中追查他们，希望能得到解药。一日，新一 的女友毛利兰来到了阿笠博士的家寻找男友的下落，被小兰撞见的新一情急之下编造了自己名叫江户川柯南，随后柯南寄居在了小兰家。小兰...